地球上には、面積100ha以上の湖が845万もあるが（1）、そのほとんどは過去1万年以内に生じ、今後1万年以内に消失していく湖である。しかし、例外的に長寿命（おおむね10万年以上）の湖がごく僅か存在する。それらの湖は古代湖と呼ばれ、地球上で、そこにしか分布しない多くの固有種が生息している。琵琶湖は、日本最大の湖（面積670.25km2）であるとともに、古琵琶湖から数えて400万年、現在の湖が成立してからでも40数万年の歴史を有する古代湖でもある。
　琵琶湖からはこれまで1000種以上の動植物が報告されており、日本の水草（沈水植物）の約半数、純淡水魚の3分の2、淡水貝類のほぼ4割の種が生息している。琵琶湖の生物の中で最も種数が多いのは水生昆虫の仲間（約250種）であるが、その大部分を占めるカゲロウ類、トビケラ類、ユスリカ類については、日本に産する種の約1割が生息している。琵琶湖は、日本の淡水環境の中で在来の生物相が極めて豊かな水域といえる。
　また、琵琶湖からはこれまでに61種の固有種が報告されているが、ほぼ半数（29種）が貝類、15種が魚類で、両者で固有種の4分の3を占める。一方、水生昆虫類の固有種は僅か3種、沈水植物（水草）も２種にすぎない。在来種でも固有種でも、琵琶湖は貝類と魚類が卓越する湖といってよいだろう。